浅谈NTRK fusion

2018年肿瘤治疗的伟大突破必然有一篇是关于NTRK Fusion的，随着LOXO-101和LOXO-292的数据披露，优异的临床数据让科学家、投资者都非常看好，2018年11月FDA加速批准larotrectinib上市，仅有30多人的Loxo Oncology被礼来lilly以80亿美元收购，同时NCCN指南更新，NTRK写入2019非小细胞肺癌指南，NTRK的巨大成功也带来了Basket Trial和Umbrella Trial的重新思考，NTRK fusion的人群占比不是很高(Figure 1)，但是选择合适的病人入组，带来了优异的缓释率，Basket Trial方案被越来越多的临床实验考虑，选择病人入组显得尤为重要，那我们如何选择病人？

首先介绍下NTRK的致病机理：

1. 三个NTRK基因（NTRK1，NTRK2和NTRK3）分别编码TRK蛋白，依次为TRKA，TRKB和TRKC；

2. 作为跨膜蛋白，这些激酶通过配体依赖性起作用，将细胞外信号传递到细胞核，刺激细胞生长，增殖和存活，如MAPK / ERK和PI3K / AKT途径(Figure 2)；

3. NTRK基因融合导致嵌合体蛋白表达，他保留TRK激酶结构域，但不保留配体结合域。NTRK基因倾向于与管家基因融合，一旦融合，具有组成型活性。因此导致各种组织类型的实体瘤发生(Figure 3)。

如何检测NTRK translocation or Fusion？(Figure 4)

Immunohistochemistry(IHC)：PDA批准了abcam的Anti-Pan TRK antibody，能同时测NTRK1、NTRK2、NTRK3，不能区分是wide-type还是Fusion，同时不是所有的基因融合都导致蛋白高表达。

DNA fluorescence in situ hybridization(FISH)：FISH是根据融合设计探针，每个融合类型都需要单独设计，未知融合信息的就没法设计和检测。

相比较而言NGS是合适的选择，其中RNA-Seq为适合，因为DNA层面的断点一般在内含子，内含子较大，且往往GC比例高，扩增检测和生信分析，都会遇到问题，而且不能确定是否转录，而RNA-seq，断点明确，容易检测到，灵敏度高，可以检测到所有融合信息，也明确发生了转录。

因此RNA-seq是临床选择病人合适的方法，市场急需对应的检测试剂盒上市，国外已经有一些试剂盒被批上市，国内暂时还没有NTRK的检测试剂盒被批。

好的试剂盒离不开好的标准品，科佰生物推出NTRK RNA标准品，助力临检试剂盒的开发。

现在已经开发的位点如下，全部经过QC验证